نرم‌افزار ارتقایافته پیشگویی استعداد تشکیل تجمعات پروتئینی- پپتیدی در جانداران طراحی شد
تاریخ انتشار: ۲۲ شهریور ۱۴۰۲ | کد خبر: ۳۸۶۷۹۳۳۰
محققان دانشکدگان علوم دانشگاه تهران موفق به طراحی نرم‌افزار ارتقایافته پیشگویی تمایل و استعداد تشکیل تجمعات پروتئینی- پپتیدی در جانداران شدند.
به گزارش گروه دانشگاه خبرگزاری دانشجو، پژوهشگران دانشکده زیست‌شناسی با همکاری دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر دانشکدگان علوم دانشگاه تهران موفق به طراحی و ابداع نرم‌افزار پیش‌بینی تمایل شکل‌گیری تجمعات پپتیدی و پروتئینی با عنوان SqFt شدند.
بیشتر بخوانید:
اخباری که در وبسایت منتشر نمی‌شوند!
این دستاورد طی همکاری بین‌رشته‌ای خانم فاطمه اشعاری پژوهشگر آزمایشگاه بیوتکنولوژی پروتئین با پژوهشگران رشته‌های آمار و نیز مهندسی شیمی دانشگاه تهران به راهنمایی مشترک مهران حبیبی رضایی استاد دانشکده زیست‌شناسی و سودابه شمه سوار دانشیار دانشکده ریاضی آمار و علوم کامپیوتر دانشگاه تهران محقق شده است.
حبیبی رضایی، سرپرست این گروه پژوهشی، در خصوص اهمیت این دستاورد اظهار داشت: در شرایط استرس اکسیداتیو، بسیاری از پروتئین‌ها و پپتید‌های طبیعی با عملکرد‌های معلوم و بعضاً نامعلوم دارای درجات متفاوت تمایل به تشکیل تجمع آمیلوئیدی هستند. در نتیجه تشکیل تجمعات آمیلوئیدی، عملکرد طبیعی پروتئین‌ها از بین رفته و بعضاً سمی می‌شوند. این شرایط به صورت وابسته به سن در بیماری‌های وابسته به استرس‌های اکسیداتیو مانند دیابت نوع ۲ (T۲DM)، آلزایمر (AD) و پارکینسون (PD) که امروزه شاهد روند فزونی آن‌ها در جوامع از جمله کشورمان هستیم، مشاهده می‌شود.
وی افزود: این تجمعات آمیلوئیدی در بیماری آلزایمر بصورت پلاک‌های آمیلوئیدی خارج سلولی و کلاف‌های رشته‌های درون سلولی و در بیماری پارکینسون بصورت رسوبات درون سلولی موسوم به اجسام لووی تشکیل می‌شود. تشکیل تجمع در پروتئین‌ها تابع ویژگی‌های شیمی فیزیکی و ساختار مولکولی پیچیده آن‌ها است. از این رو، فراهم شدن امکان پیش‌بینی تجمع پروتئین‌ها برای اتخاذ راهکار‌های پیشگیرانه برای بیماری‌های مرتبط با آمیلوئید و همچنین برای طراحی و فراوری و ارزیابی عملکردی دارو‌های زیستی در حوزه تخصصی مهندسی پروتئین حائز اهمیت است.
حبیبی رضایی تاکید کرد: تا کنون ابزار‌ها و سرور‌های متنوعی جهت پیش‌بینی تجمع پروتئین‌ها و پپیتد‌ها معرفی شده است؛ با این حال یافتن مدل یا سرور با حساسیت و دقت بالاتر مبتنی بر درک اثر هر یک از ویژگی‌های ذاتی و ساختاری پپتید‌ها و پروتئین‌ها همچنان مورد توجه پژوهشگران قرار دارد. در راستای دستیابی به این دستاورد، ابتدا اثر مستقیم هر یک از ویژگی‌ها در فرایند تجمع‌پذیری بررسی و مدل جدید جهت پیش‌بینی تجمع هگزاپپتتید‌ها با استفاده از روش یادگیری ماشین (Machine Learning) ارائه شد.
استاد دانشکده زیست‌شناسی دانشگاه تهران افزود: به منظور طراحی و آزمایش مدل با رهنمود‌های سودابه شمه سوار دانشیار آمار، از سرور WALTZ DB-۲.۰ که متشکل از ۱۴۱۶ هگزاپپتید آمیلوئیدی و غیرآمیلوئیدی بود، استفاده شد. ابتدا با استفاده از رگرسیون لجستیک (Logistic Regression) مدل طراحی و از ۳۵۴ هگزاپپتید جهت آزمون نرم‌افزار استفاده و به منظور بررسی کارآیی مدل از شاخص‌ها و آنالیز‌های آماری بهره‌برداری شد. در ادامه، کارآیی و پایایی مدل ابداع شده طی مقایسه کمیت‌های محاسباتی مورد نظر با مقادیر بدست آمده از سرور‌های رایج و شناخته‌شده مانند Aggrescan، WALTZ، Metamyl و PASTA۲.۰ به اثبات رسید.
منبع: خبرگزاری دانشجو
کلیدواژه: استاد دانشگاه دانشگاه تهران دانشگاه تهران پروتئین ها تشکیل تجمع نرم افزار پیش بینی
درخواست حذف خبر:
«خبربان» یک خبرخوان هوشمند و خودکار است و این خبر را به‌طور اتوماتیک از وبسایت snn.ir دریافت کرده‌است، لذا منبع این خبر، وبسایت «خبرگزاری دانشجو» بوده و سایت «خبربان» مسئولیتی در قبال محتوای آن ندارد. چنانچه درخواست حذف این خبر را دارید، کد ۳۸۶۷۹۳۳۰ را به همراه موضوع به شماره ۱۰۰۰۱۵۷۰ پیامک فرمایید. لطفاً در صورتی‌که در مورد این خبر، نظر یا سئوالی دارید، با منبع خبر (اینجا) ارتباط برقرار نمایید.
با استناد به ماده ۷۴ قانون تجارت الکترونیک مصوب ۱۳۸۲/۱۰/۱۷ مجلس شورای اسلامی و با عنایت به اینکه سایت «خبربان» مصداق بستر مبادلات الکترونیکی متنی، صوتی و تصویر است، مسئولیت نقض حقوق تصریح شده مولفان در قانون فوق از قبیل تکثیر، اجرا و توزیع و یا هر گونه محتوی خلاف قوانین کشور ایران بر عهده منبع خبر و کاربران است.
خبر بعدی:
تجمع دانشگاهیان در حمایت از خیزش دانشجویان دانشگاه‌های آمریکا و اروپا +جزئیات
اعضاء هیئت علمی، دانشجویان و کارکنان دانشگاه‌ها در حمایت از خیزش دانشجویان بیدار دانشگاه‌های آمریکا و اروپا و محکوم کردن اقدام پلیس آمریکا در ضرب و شتم دانشجویان، تجمع می‌کنند.
اعضاء هیئت علمی، دانشجویان و کارکنان دانشگاه ها در حمایت از خیزش دانشجویان بیدار دانشگاه های آمریکا و اروپا و محکوم کردن اقدام پلیس آمریکا در ضرب و شتم دانشجویان، تجمع می کنند.
تجمع دانشجویان و اساتید دانشگاه‌های مشهد مقدس در محکومیت عملکرد شنیع آمریکا در برخورد با دانشجویان و اساتید آزادیخواه حامی فلسطین
اجتماع دانشجویان و دانشگاهیان استان خوزستان در محکومیت تعرض به دانشجویان و اساتید حامی فلسطین در آمریکا
تجمع دانشجویان و دانشگاهیان تبریز در حمایت از دانشجویان آزادی خواه حامی فلسطین در جهان
اجتماع دانشجویان دانشگاه فنی و حرفه ای شهید بابایی قزوین
تجمع دانشجویان دانشکده شاهد در پی اعتراض به دستگیری دانشجویان آزاده‌خواه در آمریکا و دولت های غربی
تجمع دانشجویان و اساتید دانشگاه علوم پزشکی تهران
اعلام همبستگی با دانشجویان آمریکایی در حمایت از مردم مظلوم فلسطین نزجار از نقض آزادی بیان توسط کشور مدعی آزادی برگزار می شود
این تجمع یکشنبه ۹ اردیبهشت ، بعد از نماز ظهر در مقابل سر در دانشکده پزشکی برگزار خواهد شد.
تجمع دانشجویان دانشگاه تهران
اعضای هیات علمی، دانشجویان و کارکنان دانشگاه تهران امروز شنبه ۸ اردیبهشت ماه در حمایت از خیزش دانشجویان بیدار دانشگاه‌های آمریکا و اروپا و محکوم نمودن اقدام پلیس آمریکا در ضرب و شتم دانشجویان، در سردر اصلی دانشگاه تهران تجمع می‌کنند.
خودکشی از رزیدنتها به پزشکان رسیده؛ چرا دکتر سمیرا آلسعیدی خودکشی کرد؟/ «خودکشی پزشکان بهمثابه یک انتحار اجتماعی است»